SWATH定量蛋白質組學

服務介紹：

　　蛋白質組學(Proteomics)指的是大規模、高通量地研究一個細胞、組織或物種中表達的全套蛋白質的學科。近十年來，質譜技術的飛速發展大大推動了的蛋白質組學的進步，基于質譜的蛋白質組學已經成為蛋白質研究領域必不可少的技術手段。通過蛋白質組學技術可以對生物樣本中的蛋白質、翻譯后修飾位點(如磷酸化)進行大規模地鑒定或定量，進而從高通量的數據分析中挖掘有價值的信息和規律，為功能機制的探究提供線索和基礎。2003年，人類基因組計劃(HGP)完成精細圖的繪制后，同年，人類蛋白質組學計劃(HPP)隨即開展起來，反映了科研領域對蛋白質組學的重視。經過十年時間，多家單位的共同努力下，人類蛋白質組草圖也于2014年在Nature雜志公布了。

　　SWATH/DIA是一項區別于DDA采集的全新的、全息式的質譜技術，基于靜電場軌道阱 Orbitrap 的數據非依賴采集(Data Independent Acquisition, DIA)是賽默飛為用戶帶來的一項全新的、全息式的質譜技術。DIA 將質譜整個全掃描范圍分為若干個窗口，高速、循環地對每個窗口中的所有離子進行選擇、碎裂、檢測，從而無遺漏、無差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息。因此，SWATH能夠對復雜樣品中幾乎所有可檢測的分子進行定量測定。SWATH綜合了shotgun proteomics高通量檢測的特點與精準定量分析的優勢，是真正意義上的全景質譜檢測手段MS/MS ALL。

　　實驗流程：

　　蛋白提取—蛋白酶解—肽段富集—高分辨質譜檢測采集數據(DDA建庫后DIA采集數據)—數據庫檢索—數據分析

　　送樣運輸要求：

　　1、蛋白樣本

　　①蛋白量大于100ug，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②建議測定蛋白濃度后，液氮速凍，避免蛋白降解，另外需要告知蛋白溶液的緩沖液成分和濃度，方便實驗室收到后進行后續處理。

　　③膠條、膠點樣本不建議進行定量蛋白質組學。

　　2、細胞樣本

　　①細胞量1x10⁷個，收集細胞沉淀，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養基成分，然后離心去除上清保存。

　　3、血清樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣本應盡量避免溶血。

　　4、血漿樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣本應盡量避免溶血。

　　5、尿液樣本

　　①樣本量2mL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣品應盡量避免帶入糞便殘渣。

　　6、動物組織樣本

　　①樣本量300mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液沖洗表面血液，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時結冰。

　　③固定液浸泡過的樣本無法進行檢測。

　　7、植物組織樣本

　　①樣本量500mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液沖洗表面泥沙，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時結冰。

　　③固定液浸泡過的樣本無法進行檢測。

　　8、微生物樣本

　　①樣本量干重200mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養基成分，然后離心去除上清保存。

SWATH定量蛋白質組學